Hubo reformadores de distintas tendencias, como por ejemplo John Wycliffe, Jan Hus y Girolamo Savonarola, que denunciaron públicamente el relajamiento moral y la corrupción económica que existían dentro de la Iglesia "en sus miembros y en sus mentes"; buscaban provocar un giro radical de la situación. Al mismo tiempo, se estaban produciendo profundos cambios de tipo social y político, producto del despertar de la conciencia nacional y de la fuerza e importancia cada vez mayores que iban adquiriendo las ciudades, en las que surgió con gran poder una nueva clase social sostenida por el comercio. La Reforma protestante podría ser considerada producto de la convergencia de dichas fuerzas: un movimiento para introducir cambios dentro de la Iglesia, el ascenso del nacionalismo y el avance del "espíritu del capitalismo".
El reformador Martín Lutero fue la figura catalizadora que aceleró el nuevo movimiento. Su lucha personal por buscar la certeza religiosa lo condujo, en contra de sus deseos, a cuestionar el sistema medieval de salvación, e incluso la propia autoridad de la Iglesia; su excomunión por el papa León X fue un paso adelante hacia la irreversible división del mundo cristiano en Occidente. El proceso tampoco se limitó a la Alemania de Lutero. Hubo movimientos reformistas en Suiza, que pronto encontraron el apoyo y liderato de Ulrico Zuinglio y en especial de Juan Calvino, cuya obra Institutio christianae religionis se transformó en el más influyente compendio de la nueva teología. La Reforma inglesa, desencadenada por los problemas personales del rey Enrique VIII, evidenció la fuerte influencia que tenían los reformadores en Inglaterra. La Reforma en Inglaterra tomó su propia vía, manteniendo algunos elementos procedentes de la religión católica, como el episcopado histórico, con otros rasgos protestantes, como el reconocimiento de la exclusiva autoridad de la Biblia. El pensamiento de Calvino ayudó en Francia al avance de los hugonotes, grupo que era rechazado con violencia tanto por la Iglesia como por el Estado, aunque al final logró ser reconocido por el Edicto de Nantes en 1598 (revocado en 1685). Los grupos reformadores más radicales, entre los que destacaban los anabaptistas, se pusieron en contra tanto de otros grupos protestantes como de Roma, rechazando prácticas tan antiguas como el bautismo infantil e incluso dogmas como el de la Santísima Trinidad; también estaban en contra de la alianza entre Iglesia y Estado. Véase también Calvinismo; Luteranismo; Presbiterianismo.
La confluencia de la Reforma religiosa con el creciente nacionalismo ayudó a determinar su éxito allí donde logró contar con el respaldo de los nuevos estados nacionales. Como consecuencia de estos lazos, la Reforma ayudó a fomentar las lenguas vernáculas, en especial a través de traducciones de la Biblia, que contribuyeron a modelar el lenguaje y el espíritu nacional de los pueblos. También otorgó un nuevo impulso a las predicaciones bíblicas y al culto en lengua vernácula, en la que se compusieron himnos nuevos. Dada la importancia que se concedió a que todos los creyentes participaran en el culto y en las oraciones, la Reforma desarrolló sistemas para enseñar y difundir la doctrina y la ética, presentados en forma de catecismos.
La Reforma protestante no fue suficiente para agotar el espíritu renovador que existía dentro de la Iglesia católica. Como respuesta al desafío protestante, y en función de sus propias necesidades, la Iglesia convocó el Concilio de Trento, que se prolongó desde 1545 hasta 1563, año en que se logró dar una formulación definitiva a las doctrinas que se debatían, y asimismo instituir reformas legislativas prácticas respecto a la liturgia, la administración de la Iglesia y la enseñanza de la fe. La responsabilidad de llevar a cabo las decisiones tomadas en el Concilio recayó sobre todo en la Compañía de Jesús, fundada por san Ignacio de Loyola. Considerando que estos cambios religiosos coincidieron con el descubrimiento del Nuevo Mundo, el hecho fue contemplado como una oportunidad providencial para evangelizar a quienes jamás habían oído el anuncio evangélico. El hecho de que el Concilio de Trento no tomara en consideración ninguna de las propuestas de los reformistas y reafirmara las de la Iglesia católica tuvo el efecto de hacer de la división de la Iglesia algo permanente.
Nuevas divisiones continuaron surgiendo en las iglesias. En un plano histórico, es probable que las más destacadas fueran las de la Iglesia de Inglaterra. Los puritanos se oponían a los "remanentes del papismo" que existían aún en la vida litúrgica e institucional del anglicanismo, y presionaron para lograr su eliminación total. Dada la unión anglicana entre la Corona y la Iglesia, este problema adquirió, a medida que se fue desarrollando, consecuencias políticas violentas, que culminaron con el estallido de la Guerra Civil inglesa y la ejecución del rey Carlos I en 1649. El puritanismo encontró su más completa expresión en Estados Unidos, tanto en el aspecto político como en el teológico. Los pietistas de las Iglesias calvinistas y luteranas de Europa permanecían como un grupo dentro de la organización, en vez de formar una Iglesia independiente. Pero en Estados Unidos el pietismo representó los puntos de vista y las perspectivas de futuro de muchos de los grupos llegados de Europa. El pietismo europeo también tuvo eco en Inglaterra, gracias a las doctrinas de John Wesley, fundador del movimiento metodista.